Do hành động "qua cầu rút ván" của người Nhật, rất nhiều lãnh đạo quan trọng của Phục quốc Hội đã ly khai, tìm hướng hoạt động khác. Một bộ phận chuyển sang hoạt động với Việt Nam Quốc dân Đảng[12] hay chuyển hướng sang Đại Việt Quốc gia Liên minh[13] của thập niên 1940. Một số thành viên như Hồ Học Lãm chuyển sang ủng hộ Việt Minh do Đảng Cộng sản Đông Dương và Hồ Chí Minh thành lập năm 1941.

Mặc dù vậy, người Nhật vẫn tiếp tục hỗ trợ cho các hoạt động của Phục quốc Hội nhằm phục vụ cho nhu cầu chính trị của họ ở Đông Dương. Tại nội địa, hoạt động của Phục quốc Hội chủ yếu tại Nam Kỳ, dưới sự bảo trợ của lãnh đạo Cao Đài Trần Quang Vinh. Chính lực lượng bán vũ trang Cao Đài đã tham gia cùng quân đội Nhật trong việc đảo chính Pháp tại Đông Dương ngày 9 Tháng 3 năm 1945. Tuy nhiên, sau khi nắm quyền kiểm soát tại Đông Dương, người Nhật tiếp tục duy trì ngôi vị của Hoàng đế Bảo Đại và ngừng các hoạt động bảo trợ với Phục quốc Hội. Mất chỗ dựa quan trọng và thiếu cơ sở trong nước, tháng 4 năm 1949 đảng tái lập tại Quảng Tây, Trung Quốc, nhưng Phục quốc Hội bị tan rã hoàn toàn sau khi Cường Để mất năm 1951.